Thái Cổ Thần Tôn xoay quanh hành trình của một Thái tử, người từng là người xem phim subnhanh tối cao của Linh Giới, đã phải chịu đựng sự hãm hại oan uổng. Sau khi gặp phải cái chết bi thảm, Thái tử tái sinh và rơi xuống phàm trần, trở thành một tên tạp dịch hèn mọn.
Tuy nhiên, trong cơ thể hắn lại mang theo thần đan tạo hóa tuyệt thế cùng với công pháp nghịch thiên. Chỉ với một thanh kiếm gỉ, hắn có khả năng lật đổ cả võ đạo giới.
Trong hành trình của mình, võ hồn của hắn thức tỉnh, luyện hóa vạn linh và tham ngộ cả hai con đường thần hồn. Hắn đã đặt chân đến kho báu Thiên Ma, khám phá bí cảnh Hóa Long và di tích Viễn Cổ, thu thập nhiều báu vật quý giá như chiến giáp Ma Tôn và kính Đại Hoang.
Các thiên kiêu từ khắp nơi, cùng với những kẻ sâu mọt trong tông subnhanh môn và tà tộc ngoại vực, lần lượt tìm cách đối đầu nhưng đều bị hắn quét ngang bằng một kiếm, đè bẹp tại chỗ.
Hắn cũng thu phục Long hồn và Linh khuyển thông linh, bảo vệ những người thân cận và mỹ nhân bên cạnh. Hành trình của hắn không dừng lại ở đó. Hắn đã lần lượt đạp qua Võ Vương, phá Võ xem phim subnhanh Hoàng, và đăng lâm Võ Tôn.
Cuối cùng, hắn đơn độc đối đầu với hai kẻ thù truyền kiếp là Long Già Thiên và Nam Cung Lăng Thiên, đồng thời vạch trần âm mưu bị chôn vùi của thời kỳ Hắc Ám cổ xưa.
