Khi thành phố Atlantis của người Cổ Đại (Ancients) được Bộ Tư lệnh Stargate phát hiện tại thiên hà Pegasus, Tiến sĩ Elizabeth Weir cùng Thiếu tá Sheppard đã dẫn đầu một đoàn khảo sát khoa học tiến vào đô thành cổ xưa bị bỏ hoang này.
Tuy nhiên, ngay khi đến nơi, cả đội không chỉ mất hoàn toàn liên lạc với Trái Đất, mà những hoạt động khám phá của họ còn vô tình đánh thức Kẻ Thù Trầm Kha (The Wraith) — chủng loài tàn bạo của người Cổ Đại đang khát khao săn đuổi con mồi mới.
Trong bối cảnh đó, Đội Atlantis phải tìm cách sinh tồn và bảo vệ bản thân khỏi mối đe dọa lớn từ Kẻ Thù Trầm Kha. Họ nhận được sự hỗ trợ từ những đồng minh bản địa như Teyla Emmagan, người hiểu rõ về vùng đất và những nguy hiểm đang rình rập.
Đội ngũ không chỉ phải dốc xem phim subnhanh sức khai thác những bí mật ẩn giấu tại ngôi nhà mới mà còn phải chiến đấu khốc liệt chống lại loài Wraith. Cuộc chiến này không chỉ là cuộc chiến sinh tồn mà còn là hành trình khám phá những điều kỳ diệu của Atlantis, nơi mà lịch sử và tương lai giao thoa.
Trận Chiến Xuyên Vũ Trụ (Phần 4) hứa hẹn sẽ đưa người xem vào những tình huống căng thẳng, những quyết định khó khăn và sự phát triển của các nhân vật khi đối mặt với những thử thách không ngừng. Liệu Đội Atlantis có thể tìm ra cách để thoát khỏi tình thế hiểm nghèo này và khám phá những bí mật mà Atlantis đang giấu kín?