Kiếm Sĩ Cơ Hàn kể về cuộc đời của Iguchi Seibei, một samurai thứ cấp sống trong bối cảnh xã hội Nhật Bản hỗn loạn vào đầu thế kỷ 19. Sau cái chết của vợ, Iguchi phải gánh vác nợ nần, khiến anh không còn thời gian để chăm sóc bản thân hay kết nối với bạn bè. Vì lý do này, anh được gọi là chàng samurai cơ hàn.
Trong cuộc sống tẻ nhạt của mình, Iguchi gặp gỡ Tomoe, một cô gái xinh đẹp và đầy nghị lực, người luôn khao khát được chia sẻ cuộc sống với anh. Tuy nhiên, Iguchi lại từ chối tình cảm của cô, khiến cho mối quan hệ giữa họ trở nên phức tạp.
Cuộc sống của Iguchi bỗng thay đổi khi subnhanh anh bị ép tham gia vào một cuộc quyết chiến với một samurai khác, người bị coi là phản nghịch. Samurai này cũng là một kiếm sĩ cô đơn, có hoàn cảnh tương tự như Iguchi. Trong tình huống sinh tử, Iguchi phải đưa ra những quyết định quan trọng cho cuộc đời mình.
Cuối cùng, nhờ sự giúp đỡ của người bạn mới quen, Iguchi tìm thấy lối thoát cho bản thân và có cơ hội sống hạnh phúc bên Tomoe. Kiếm Sĩ Cơ Hàn không chỉ đơn thuần là một câu chuyện về kiếm thuật, mà còn là hành trình tìm kiếm hạnh phúc và sự kết nối giữa con người trong một xã hội đầy biến động.
